En el territorio de Boyaca, vivia la tribu Chibcha, la más desarrollada del país en sus manifestaciones de organización social, cultural y productiva. Los Chibchas trabajaban la tierra y la artesania, el Maiz era su principal producto y de este derivaban sus alimentos (el pan la arepa y la chicha). Tambien tenian una gran habilidad para trabajar con el oro. Se dedicban principalmente a la agricultura, los tejidos y el trabajo minero. Vivian en chozas hechas de bareque y bejucos de caña. Por la riqueza de sus tierras, los españoles formaron allí grandes encomiendas.
Una vez conquistada América, el gobierno fue ejercido por el gobernador general nombrado directamente por el rey.
En 1537, llegó a este territorio Gonzalo Jiménez de Quesada para ocupar las tierras, distribuir los indígenas en encomiendas, obtener recursos y poblar. En 1539, Gonzalo Suárez Rendón fundó Tunja y otras poblaciones ocupadas por los antiguos caseríos indígenas. Durante la colonia, Tunja fue uno de los más importantes centros políticos y económicos.
En Boyacá se libraron unas batallas de vital importancia para la independencia de la Nueva Grandada. El ejercito partiota era comandado por el general Simon Bolivar, y el ejercito español era comandado por el coronel Jose María Barreiro, el cual le ganaba en armas y en numero de personas al ejercito de Bolivar. Pero para Simón Bolívar no fue un impedimento su fuerte rival y aprovechó las oportunidades de su estadía en Tunja para vigilar los pasos del enemigo. Fue entonces cuando los patriotas treparon por matorrales y se presentaron de improvisto al Ejército de Barreiro en el puente de Boyacá. Al final, el coronel Barreiro no pudo lograr parar la rapidez con la que las tropas Patriotas los rodearon. No tuvieron más remedio que rendirse ante el Ejército Patriota, con su comandante Santander, 'Héroe de Boyacá'. Murieron más de 100 realistas, 13 soldados patriotas y 53 resultaron heridos. Barreiro, junto a los principales Jefes Realistas y 1.600 soldados, fueron hechos prisioneros.
Las batallas fueron libradas el 25 de julio de 1819 en el Pantano de Vargas, y el 7 de agosto del mismo año en el puente de Boyaca, lugar al que el departamento debe su nombre. Estas batallas dieron fin al dominio Español. Boyacá fue declarado Depàrtamento de la República de Colombia en la constitución de 1.886.
Templos, conventos, calles y monumentos históricos dan cuenta de su protagonismo en las dos pasadas centurias y su gran influencia en la idependecia de la Nueva Granada.
